Arbeitsgruppe Technische Informatik

Bioinformatik-Seminar: Liste der gehaltenen Vorträge

11.02.2014:

Weiterentwicklung des hashbasierten Short-Read-Mappers Smarti, N. Paulsen, IfI

40GBit AES Encryption Using OpenCL and FPGAs, F. Dubrovnik, IfI

04.02.2013:

Long-Read Alignment mit CUSHAW2, G. Johannsen, IfI

28.01.2013:

GPU-basiertes Short-Read Alignment mit BarraCUDA, C.-W. Reimer, IfI

14.01.2013:

BLASTp Datenbanksuche mit der RIVYERA S3-5000, L. Wienbrandt, IfI

07.01.2013:

Smith-Waterman Alignment, L. Wienbrandt, IfI

29.10.2012:

Grundlagen der Bioinformatik (WS12/13), L. Wienbrandt, IfI

28.06.2012:

Accurate Mapping of Short-Reads with SHRiMP, T. Schulz, IfI

21.06.2012:

De-novo assembly with PASHA, U. Rüegg, IfI

14.06.2012:

Fast-CHI, B. Zingelmann, IfI

07.06.2012:

HiTEC Error Correction, M. Roos, IfI

03.05.2012:

Grundlagen der Bioinformatik (SS12), L. Wienbrandt, IfI (printerfriendly) (src)

16.01.2012:

Mercury BLASTp, F. Biehl, IfI

09.01.2012:

TotalReCaller Base Calling, C. A. Rathje, IfI

19.12.2011:

GRAPPA: FPGA accelerated gene rearrangement analysis, J. Rehberg, IfI

12.12.2011:

Error correction with ECHO, N. Paulsen, IfI

05.12.2011:

Error correction with Reptile, T. v. Holtz, IfI

21.11.2011:

De-novo assembly with SOAPdenovo, S. Exner, IfI

14.11.2011:

De-novo assembly with ALLPATHS-LG, L. Noelle, IfI

07.11.2011:

CloudBurst short read alignment, D. Jablonski, IfI

31.10.2011:

FPGA-implementation of PSI-BLAST, S. Casimir, IfI

24.10.2011:

Grundlagen der Bioinformatik (WS11/12), L. Wienbrandt, Inst. f. Informatik, CAU Kiel (printerfriendly) (src)

11.07.2011:

SHREC -- short read error correction, S. Goetze, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

04.07.2011:

SARUMAN -- exact short read alignment on a GPU, J. Matthiesen, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

27.06.2011:

De-novo assembly with ALLPATHS, O. Diestel, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

Gepaarte de-Bruijn-Graphen, M. Schmöhl, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

20.06.2011:

Accelerating phylogenetic tree optimization with FPGAs, S. Reinhold, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

18.04.2011:

Grundlagen der Bioinformatik (SS11), L. Wienbrandt u. F. Schatz, Inst. f. Informatik, CAU Kiel (printerfriendly)

24.01.2011:

Long- und Short-Read-Alignment mit BWA, T. Krause, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

13.12.2010:

Short-Read-Alignment using Hash-Maps, S. Möller, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

01.11.2010:

Grundlagen der Bioinformatik, L. Wienbrandt u. F. Schatz, Inst. f. Informatik, CAU Kiel (printerfriendly)

05.07.2010:

DIALIGN-TX: Segmentbasiertes multiples Sequenzalignment, V. Grossmann, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

ABySS: Parallele de-novo-Genomassemblierung, S. Timmermann, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

28.06.2010:

Schnelles Short-Read-Alignment: Bowtie vs. SOAP / SOAP2, J. C. Kässens, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

BFAST: neues Short-Read-Alignment im Vergleich zu Bowtie, SOAP, MAQ, usw., C. Kitzlinger, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

21.06.2010:

Short-Read-Alignment mit MAQ, B. O. Cordsen, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

14.06.2010:

Efficient Sequence Analysis with HMMer on FPGAs, A. Umland, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

07.06.2010:

Motivsuche mit MotifEnumerator, F. Holdt, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

31.05.2010:

Musterbasierte Motivsuche, H. Hoffmann, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

17.05.2010:

Alignment Basics, L. Wienbrandt, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

19.04.2010:

Grundlagen der Bioinformatik, L. Wienbrandt u. F. Schatz, Inst. f. Informatik, CAU Kiel (printerfriendly)

22.03.2010:

Implementierung des Smith-Waterman-Algorithmus auf der COPACOBANA 5000, A. Abbas, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

08.02.2010:

Genomassemblierung mit EULER-USR, I.Fuhrmann, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

25.01.2010:

Genomassemblierung: Analyse und Anwendung von Velvet, S. August, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

18.01.2010:

BLAST - Ein Überblick, S. Spyropoulos, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

11.01.2010:

Smith-Waterman-Alignment auf Spezialarchitekturen, L. Borchert, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

07.12.2009:

Funktion und Performance des Motivsuche-Algorithmus MEME, M. Kruse, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

30.11.2009:

Resümee: Data Analysis Workshop on SOLiD Systems, B. Stade, Inst. f. Klinische Molekularbiologie, UKSH

26.10.2009:

Grundlagen der Bioinformatik, L. Wienbrandt u. F. Schatz, Inst. f. Informatik, CAU Kiel (printerfriendly)

21.09.2009:

Human-Genom Read-Evaluierung Unique vs. Multiple Match, F. Schatz, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

17.08.2009:

Human-Genom Read-Evaluierung, F. Schatz, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

13.07.2009:

Genome Assembly with Hash Maps, L. Wienbrandt, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

22.06.2009:

Theoretische Grenzen der deNovo-Assemblierung, F. Schatz, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

18.05.2009:

Performance der Short-Read Assembly Algorithmen, S. Möller, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

11.05.2009:

DNA-Sequenzierung im IKMB, B. Stade, Inst. f. Klinische Molekularbiologie, UKSH

03.05.2009:

sRio Performance, S. Möller, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

27.04.2009:

Seeking the Equation of Life, K. Tischer, Inst. f. Virologie, Freie Universität Berlin

16.03.2009:

Genome Assembly on COPACOBANA, L. Wienbrandt, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

09.03.2009:

Short Read Assembly, S. Möller, Inst. f. Informatik, CAU Kiel

02.03.2009:

Rhadinoviral Expression Vectors, T. Toptan, Inst. f. Infektionsmedizin, UKSH