Arbeitsgruppe Technische Informatik

Seminar: Algorithmen der Bioinformatik

Das Seminar richtet sich hauptsächlich an Master-Studenten der Informatik. Es werden Themen bearbeitet, die sich mit der Untersuchung aktueller Algorithmen aus verschiedenen Bereichen der Bioinformatik befassen. Es sollen Informationen über deren Nutzen erlangt sowie Ideen zur Implementierung, vorzugsweise in Hardware, entwickelt werden.

 

Themengebiete:

  • Short-Read Error Correction
  • De-novo Assembly
  • Short-Read Alignment
  • SNP Imputation
  • GWAS - Genome Wide Association Studies

 

Konkrete Themen:

Eine Auswahl konkreter zu bearbeitender Themen gibt's bei der Vorbesprechung oder auf Anfrage.

Organisation:

Vorbesprechung:  Do, 30.10.2014, 12.15 Uhr, HRS3, R.510

Zeit und Ort: Do, 12.15 - 13.45, HRS3, R.510

Neben eines etwa 30-45 minütigen Vortrags wird eine schriftliche Ausarbeitung des Themas gefordert. Diese sollte mindestens 10 Seiten beinhalten, 20 aber nicht überschreiten. Der Vortrag und die Ausarbeitung können wahlweise auf deutsch oder auf englisch erfolgen, die Seminarfolien sollten aber bitte auf englisch sein.

Die Anwesenheit ist für Scheinanwärter Pflicht.

Zeitplan (vorläufig):

10.07.2014: Erste Vorbesprechung, Vorstellung der Themen

30.10.2014: Vorbesprechung (Themenvergabe, organisatorisches Treffen)

06.01.2015: (Ende Weihnachtsferien) Deadline für die Seminarausarbeitungen

22.01.2015: Beginn der Vorträge

Material:

  • Zur Einführung sehr zu empfehlen sind u.a. die ersten Kapitel der "Lecture Notes on Biological Sequence Analysis" von Martin Tompa.
  • "Grundlagen der Bioinformatik" (vom SS12) als Vortrag und als druckerfreundliche Version.
  • Die Grundlagen als Source, für die die mit Latex-Beamer arbeiten möchten und ein Beispiel benötigen.
  • Latex-Vorlage für die Ausarbeitung (bei \usepackage[masterthesis,german]{tinfstud} bitte die masterthesis gegen seminar austauschen)

Die Liste aller bisher gehalten Vorträge, einschließlich der des Oberseminars "Bioinformatik", gibt ebenfalls einen Einblick in die Thematik. Die Vorträge sind passwortgeschützt. Das Passwort wird bei der Veranstaltung bekannt gegeben, oder kann bei mir per Email (s.u.) angefordert werden.

Weiteres Material wird zu Beginn des Seminars an die Teilnehmer ausgegeben.

Sonstiges:

Bei weiteren Fragen, einfach eine Mail an mich: Lars Wienbrandt